创建于1947年的北平私立惜阴中学是四十三中学的前身，创办人王耀庭即惜阴中学第一任校长，由当时的社会名流和军政要员，医学科学专家组成了校董事会确立了“救济失学青年，普及中等教育”的办学宗旨。
1949年1月31日北平解放，人民政府接管了惜阴中学，成立了新一届董事会，推举张长序为第二任惜阴中学校长。
1952年9月23日，
北京市政府将惜阴中学收编为国有市立中学，并颁名为“北京市第四十三中学”，当时的彭真市长亲自任命张长序为北京市第四十三中学校长，张世龄为教导主任。
当年的四十三中学虽然有了较大的改善，但办学条件仍很艰苦，三幢平房教室，一座二层小楼，楼上是办公室，楼下是教室，中间是一块小操场。然而在党的领导下全体师生员工，艰苦奋斗，白手起家，同心同德，共建家园，学校得到了飞快发展，教育教学质量飞速提高，学校98年被命名为“北京市艺术传统校”，学校在初中开设了声乐、管乐和艺术特长班，为学校的艺术特长培养奠定了基础，并结出了丰硕成果。
近年来学校引入科研机制，走科研兴校之路，将科研的思想和方法渗透于教育、教学、管理之中。
学校坚持两全的教学指导思想，坚持以教学为中心，坚持教育、教学过程的规范管理，创设了教育、教学的良好氛围，走上了严谨治学的道路，形成了自己独特的办学风格。
