南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年， 1979年被确定为全国重点大学，2004年被批准为全国8所试办八年制医学教育的高等院校之一，2004年8月按照国务院、中央军委下达的命令，整体移交广东省，更名为南方医科大学。现有校本部、顺德校区2个校区，占地面积176.68万平方米，建筑面积84.67万平方米。面向全国31个省、自治区、直辖市及港澳地区招生。
办学规模: 现有第一临床医学院、第二临床医学院、基础医学院、中医药学院、护理学院、生物技术学院、药学院、公共卫生与热带医学学院、生物医学工程学院、人文与管理学院、外国语学院、研究生学院、继续教育学院、医学职业技术学院、国际教育学院、马克思主义学院等16个学院，拥有6所直属附属医院（南方医科大学南方医院、南方医科大学珠江医院、南方医科大学第三附属医院、南方医科大学中西医结合医院、南方医科大学第五附属医院、南方医科大学北滘医院），开设了26个本科专业，其中6个国家特色专业，6个广东省名牌专业。现有全日制在校生15514人，其中本专科生12061人、研究生3027人、留学生501人。
学科建设：学科覆盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、经济学等7大学科门类。现有10个博士学位授权一级学科（临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、中药学、生物医学工程、生物学、药学、护理学、特种医学），7个博士后科研流动站（基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、中西医结合和药学），75个博士学位授权点，98个硕士学位授权点。拥有3个国家重点学科（人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床），2个国家重点培育学科（病理学与病理生理学 外科学（骨外）），5个国家中医药重点学科（中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学）。拥有10个广东省重点学科，1个教育部工程研究中心，1个教育部工程技术中心建设项目，2个省部共建重点实验室，13个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室。国家重点学科分别布局在3个一级学科，省级重点学科覆盖24个二、三级学科。
人才队伍: 现有专业技术人员6079人，其中高级专业技术职称1100人。拥有院士3名，双聘院士2名，“973”项目首席科学家2名，国家教学名师2名，全国模范教师和全国优秀教师5人，全国高校骨干教师7人，广东省教学名师6人，“长江学者”4人，国家杰出青年基金获得者5人，“何梁何利奖”获得者3人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，国家级教学团队2个，博士生导师236名、硕士生导师639名，先后有133人享受国务院特殊津贴。
教学改革: “十五”以来，先后承担了包括国家“十五”、“十一五”教育科学规划项目和“世行贷款”项目在内的国家、军队和广东省教育研究课题93项。在多科性医科大学办学模式、实验教学改革、创新教育、教学质量保障、教学管理信息化建设、医学教育技术研究、科研促进教学、医学人文教育等方面进行了深入探索和改革实践。获得省部级以上优秀教学成果奖49项，研制的《医学通用题库》，获得军队优秀教学成果二等奖，在全国50多家院校推广使用。开发的教务管理软件《军队院校学籍管理系统》，被指定为全军和武警院校的教务管理系统。73项省部级二等奖以上科研成果（占“十五”以来总成果的58.87%）已经转化为教学资源直接服务本科教学；主编出版“十一五”规划等高水平教材11部，58项多媒体教材获省部级以上成果奖；目前建有6门国家精品课程、19门广东省精品课程、2个国家实验教学中心、9个广东省实验教学示范中心；建设了44门PBL课程、54门双语课程、33个本科生创新教育基地。改革成果在众多高水平学术刊物发表，被《人民日报》、《光明日报》、《解放军报》、中央电视台、《中国教育报》、《中国青年报》、凤凰卫视等主流媒体多次报道。
科学研究: “十五”以来，先后承担各类课题2139项，获得纵向课题经费5.13亿元，主持“973”课题3项、国家自然科学基金重点项目12项；作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖7项，省部级科技成果一等奖24项。2000年以来，我校有5项科研成果7次入选国家公布的年度科技十大新闻。2004年~2008年，国家科技部公布的Medline 收录论文排名中，我校连续5年在全国1000余所高校中位居前16名；2006年，侯凡凡教授的原创论文在国际顶尖医学杂志《N Engl J Med》（《新英格兰医学杂志》）上发表,影响因子51.296，该成果被美国内科学年报评为“2006年内科学领域最重要的14项研究进展之一”。
医疗实力: 拥有6个广东省医学重点专科， 广东省35项 “名医工程项目”我校占9项。有直属附属医院6所（南方医科大学南方医院、南方医科大学珠江医院、南方医科大学第三附属医院、南方医科大学中西医结合医院、南方医科大学第五附属医院、南方医科大学北滘医院），其中第一临床医学院（南方医院）、第二临床医学院（珠江医院）都是高水平综合性教学医院，展开床位5000余张。在消化病诊治、肾病的综合治疗、中西医结合诊疗、肾肝移植、异体手移植、造血干细胞移植、心脑血管介入、创伤修复、新生儿重症救治和围产医学等方面形成了明显的特色优势。南方医院惠侨科被中央军委授予“模范医疗惠侨科”荣誉称号，并得到江泽民同志亲笔题词嘉勉。
产业开发: 自20世纪80年代以来，学校坚持以“科学技术是第一生产力”为指导思想，开创了全国高校产学研一体化先河，以自主研发的“三九胃泰”、“正天丸”、“无限极口服液”、 “尿毒清”等产品为基础，先后创建了
深圳南方制药厂（三九集团前身）、南方李锦记营养保健品有限公司（现名无限极（中国）有限公司）、
广州康臣药业有限公司等国际知名的医药企业。2004年转制地方以来，取得科技成果300余项，研制出国际上第一个SARS抗原检测试剂盒、国家1类新药全氟丙烷人血白蛋白微球注射剂、f-PAX系统等重量级的科研产品并成功转化，在生物医药、保健食品、医疗器械、日用化工等多个医药相关领域新建立了东方药林、南方洁灵、宜诚数字医疗等一批高新技术企业。
学校仪器设备精良，目前设备总值19亿多元人民币，其中A、B类设备达90%以上。有着良好的信息化教学环境，拥有装备现代的教学管理指挥中心和电化教学中心，基本实现形态学科实验显微录像化、机能学科实验微机化。教学场所齐全，教室基本实现了空调化、网络化及电子化。新建的4人一间的本科生公寓实现了通电话、 通网络、通电视，拥有人工草皮的足球场和塑胶跑道的田径场。截至2012年3月，图书馆文献总量接近205万册（含电子图书99万余种），拥有各类文献数据库61个，中外文全文电子期刊2万2千余种，自建有南方医科大学学位论文数据库、随书光盘数据库和南医院士文库，形成了以生物医学文献为重点，外语、文学、计算机、军事、史地文献为特色，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的综合馆藏体系。 图书馆与学校网络中心共同建设数据中心，与校园网主干以千兆互联，构建先进的网络资源系统。除实体图书馆外，网上数字图书馆和移动图书馆（http://lib.smu.edu.cn）提供24小时不间断服务。同时，通过提供安全的校外远程访问服务，方便不在校内的用户随时利用图书馆资源的目的。
学校现有教学、科研、医疗及行政用房81.48万平方米；截止2009年12月31日，学校总资产75.53亿元，其中固定资产66.03亿元（按原始价统计，不含地产），其中教医研设备总值18.9亿元，其中十万元以上的贵重仪器11.9亿。 建成了千兆级校园园区网络，所有教室和实验室实现了网络化、空调化、电子化。学生公寓可容纳1.6万名学生，并全部实现了通电话、通网络。 是军委确认的具有医学情报查新资格的院校之一。
院有包括PET–CT在内的医疗设备9000余台(件)，设备总值达7.9亿元，其中南方医院医疗设备总值4.9亿元。
1985年引进我国第1台，也是东南亚第1台核磁共振仪（MRI）（国内第2台是
北京天坛医院），出版了国内第1部MRI专著，制定了国内第1个MRI诊断标准。 影像中心是全省几十家中小医院的远程会诊中心，为全国七年制统编教材《医学影像学》的主编单位。
1999年全国首批、广东省首家引进PET，是广东省唯一能自己生产PET显像剂的单位，并供应省人民医院等医院。检查例数已达7300余例， 国内最多（第2位是
上海华山医院）。
1997年引进华南地区第1套三维适形放疗系统（俗称“光子刀”），已治疗3000余例，居华南地区首位（第2家为
中山医肿瘤医院，2001引进，例数约为2000余例）。
1999年10月引进了亚洲第1套氩氦刀治疗系统。
2002年引进国内第1套肿瘤光动力治疗系统，治疗各类肿瘤达200余例，为国内开展例数最多的单位。
学校是国务院首批批准的具有硕士学位授予权的单位，国务院第三批批准的具有博士学位授予权的单位。从1979年开始招收培养硕士研究生，1987年开始招收培养博士研究生。目前学校拥有10个博士学位授权一级学科，75个博士学位授权点，98个硕士学位授权点，我校医学门类博士学位授权一级学科数位居广东省第一，在全国独立设置的医科大学中，排名第二。形成了以医学为主体，理学、工学、法学、管理学、教育学等多学科协调发展的较为完整的学位授权体系。
学校现有3个国家重点学科：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床；2个国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）；5个国家中医药管理局重点学科，10个广东省重点学科。学校以项目为纽带建设了五大学科群：用于疾病诊断的生物新技术研究、重大疾病的分子基础及药物筛选、器官衰竭的防治研究、应对核化生恐怖的医学防护技术研究、疑难病证中西医结合诊疗方案优化及新制剂研发，2008年，该五大学科群被广东省评为第三期“211工程”重点建设项目，获得建设经费逾亿元。
