南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院（恢复建制）等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。半个世纪以来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养并诞生了新中国中医药界最早的学部委员（院士），为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和
汉中门两个校区。现有各类在校生20000余名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共9所直属学院，24个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、8个江苏省重点学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点（一级学科博士学位点3个 、二级学科博士学位点22个）和44个硕士点（一级学科硕士学位点5个、二级学科硕士学位点39个），博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材（主编）。现已建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个江苏高校协同创新中心、1个省部共建重点实验室、1个科技部国家中药临床试验研究（GCP）中心、1个教育部工程研究中心、1个江苏省中医药研究与新药创制中心、3个国家中医药管理局重点研究室、5个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、6个省级工程研究中心（工程实验室）、2个市级工程技术研究中心、2个校级重点实验室和1个SPF级实验动物中心。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。
学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，涌现出了一批又一批蜚声海内外的专家、学者，培养并诞生了9位“国医大师”（占全国的三分之一）、5位中医药界院士（占全国的二分之一）。近年来，先后有10余人次荣获“国家级有突出贡献中青年专家”、“国家教学名师”、“全国模范教师”、“全国优秀教师”、“全国先进工作者”、“全国师德建设先进个人”等各类全国性荣誉称号和表彰。
学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医文献检索中心分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2011年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席习近平出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。
面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，加强内涵建设，提升办学水平，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，积极创建“国内一流、国际著名”的研究教学型中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列。
