历史沿革。我校创建于1949年，时称华东军区人民医学院。1950年改称
上海军医大学。1951年7月正式定名为第二军医大学。
整体实力。学校是国家“211工程”和军队“2110工程”重点建设院校，是军队3所设置研究生院的单位之一，是全国11所开办八年制医学教育的院校之一，是36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一，是我军唯一的外军医学留学生培训基地。
体制编制。机关设四部一院（训练部、政治部、校务部、科研部和研究生院），下辖一部（基础部）、六系（海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理系、中医系、外训系）、研究生管理大队、3所附属医院、5个干休所。
人才培养。学校的主要培训层次有研究生教育、本科生教育、任职教育和留学生教育等。开设长学制医学教育（七、八年制）、临床医学（五年制）、海军临床医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学（四年制）、护理学（四年制）、公共事业管理（四年制）、生物技术（四年制）、中医学（五年制）等9个专业。校党委始终坚持教学工作的中心地位不动尧教学改革的核心地位不动尧教学基本建设的优先地位不动摇，稳步推进教学改革，狠抓教学质量建设。“十五”以来，共获得国家教学成果奖3项，军队教学成果一等奖3项、二等奖9项。先后有10篇研究生论文入寻全国百篇优秀博士学位论文”。
学科水平。实施了“1272”学科建设工程，大力推进学科建设。现有国家重点学科一级学科2个（基础医学、药学），二、三级学科26个，军队“2110工程”重点建设学科3个（航海医学、军事生物工程和野战内科学），总后“530工程”重点建设学科2个（军队卫生勤务学和野战护理学），上海市重点学科7个。现有博士后流动站6个，博士学位授权一级学科6个，博士学位授权二、三级学科61个，硕士学位授权二、三级学科78个；学位授权学科涉及医学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学7大门类，基本覆盖学校现有学科专业，覆盖率达到95.7%。现有国家重点实验室1个：医学免疫学；教育部重点实验室1个：分子神经生物学。拥有全军重点实验室10个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室。
师资队伍。实施了“5511”人才建设工程，全面推行科室主任聘任制。科技干部队伍中，有两院院士4名（中科院院士：吴孟超、陈宜张，工程院院士：曹雪涛、王红阳），“长江学者奖励计划”特聘教授4名（曹雪涛、王红阳、夏照帆、何成）、“973”首席科学家3名（曹雪涛、郭亚军、潘卫庆），荣获全军专业技术重大贡献奖和军队专业技术人才奖4人（吴孟超、廖万清、曹雪涛、李兆申），国家有突出贡献中青年专家6名（戚中田、朱明学、张宝仁、廖万清、贾连顺、侯春林）、“百千万人才工程”国家级人选5名（曹雪涛、戚中田、何成、夏照帆、杨甲梅）、“中国青年科技奖”5名（曹雪涛、何成、章卫平、蒋春雷、张卫东）、总后“三星”人才41名、一代名师和伯乐奖22名，上海市医学领军人物9名。博士生导师184名，硕士生导师414名。
科技创新。学校积极推进科研管理体制改革和机制创新，加强重大、重点项目的研究和联合攻关，着力活跃学术氛围，促进了科研规模、水平、效益的持续发展。近三年，学校共承担各类纵向科研课题653项，经费2.1亿多元。其中，承担国家自然科学基金面上项目270项，重点、重大项目6项。共获军队级（含省部级）以上科技成果奖共196项。其中国家最高科学技术奖1项，国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖2项，上海市自然科学一等奖1项，上海市科技进步一等奖6项，军队医疗成果奖一等奖5项，中华医学科技一等奖1项，上海市医学科技一等奖4项，军队科技进步二、三等奖36项，军队医疗成果二、三等奖70项。
医院建设。学校附属长海、长征和东方肝胆外科医院以“救死扶伤，服务军民”为宗旨，坚持科技兴院、质量建院、从严治院、勤俭办院，医院整体建设水平在军内外领先，目前，共展开床位3500余张，年收治病人6万多人次，年门急诊量达200多万人次。在医疗特色上，肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统特色更加鲜明，并在肝脏、肾脏等器官移植术，前列腺疾病微创治疗术，以及胰腺疾并血管并血液并真菌病诊治技术等方面形成新的特色。目前，三所附属医院共有10个全军医学研究所，10个全军医学专科（专病）中心，3个国家中医药管理局重点专科（专病）中心，4个上海市临床医学中心。三所医院均为三级甲等医院，长海医院荣获“全国百佳医院”称号，长征医院在全军开展的优质服务竞赛中连续三届荣获“白求恩杯”，东方肝胆外科医院已发展成为国家军队知名的专科医院。
